DNM ve své podobě jako samostatná organizace funguje od 19. 1. 2009, kdy byla HMP založena obecně prospěšná společnost. Organizace byla založena za účelem poskytování obecně prospěšných služeb v oblasti ochrany práv a podpory národnostních menšin na území HMP. Obecně prospěšné služby společnosti slouží především k podpoře a rozvoji kulturních, společenských, publikačních a vzdělávacích aktivit jednotlivých národnostních menšin a jejich spolků.

Objekt, který byl vybrán jako sídlo, přešel v letech 2000−2002 do vlastnictví HMP v rámci likvidace Fondu dětí a mládeže a na základě výjimky navržené vládou ČR, kterou schválil Parlament ČR, může budova sloužit nejen dětem a mládeži, ale i národnostním menšinám. V letech 2002−2007 byla budova rekonstruována do dnešní podoby
a 21.  6. 2007 slavnostně otevřena veřejnosti (při zahájení provozu byl DNM součástí CSSP).

V budově jsou dále k dispozici společné prostory – společenský sál s přilehlou kavárnou, výstavní síň, zasedací místnost, sdílená kancelář, které jsou primárně k využití ze strany organizací národnostních menšin a v případě volných kapacit také ze strany dalších subjektů. Podmínkou je, že se zaměřují v rámci své činnosti na témata blízká těm, za nimiž byl DNM založen.

Součástí DNM je od roku 2014 také knihovna a vzdělávací centrum. Knižní fond čítá zhruba 2500 svazků, součástí fondu je rovněž videotéka s filmy na DVD nosičích a periodika, která vydávají organizace národnostních menšin. Knihovna je součástí veřejné sítě knihoven a slouží jak příslušníkům národnostních menšin
a odborníkům, ale je otevřena zájemcům z řad veřejnosti. Vzdělávací centrum se také intenzivněji zaměřuje v rámci své činnosti na práci s dětmi a mládeží se svou nabídkou lektorských programů.

V roce 2025 byl DNM nově ustanoven jako příspěvková organizace
hl. m. Prahy.